Nội dung quy định tại khoản 12 Điều 1 này được hướng dẫn bởi Điều 19 Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013:
“Điều 19. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệpĐiều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.1. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn thuế, giảm thuế); trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa chi phí được trừ hoặc doanh thu của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng chi phí được trừ hoặc doanh thu của doanh nghiệp.2. Không áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Khoản 1, Khoản 4 Điều 4 và Điều 15, Điều 16 Nghị định này và không áp dụng thuế suất 20% quy định tại Khoản 2 Điều 10 Nghị định này đối với các khoản thu nhập sau:a) Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, trừ thu nhập từ đầu tư kinh doanh nhà ở xã hội quy định tại Điểm d Khoản 2 Điều 15 Nghị định này; thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác khoáng sản; thu nhập nhận được từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam;b) Thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu, khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản;c) Thu nhập từ kinh doanh dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt;d) Các khoản thu nhập khác quy định tại Khoản 2 Điều 3 Nghị định này không liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế (đối với trường hợp đáp ứng điều kiện ưu đãi về lĩnh vực, ngành nghề quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này).3. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.4. Trong thời gian được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu trong năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại các Khoản 7, 8 và Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và quy định tại Điều này thì năm tính thuế đó không được hưởng ưu đãi thuế mà phải nộp thuế theo mức thuế suất 22% và doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 20 tỷ đồng quy định tại Khoản 2 Điều 10 Nghị định này nộp theo thuế suất 20%. Kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 mức thuế suất chung là 20%.Đối với dự án đầu tư quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này, trường hợp sau 03 năm kể từ khi được cấp phép đầu tư (không kể bị chậm tiến độ do nguyên nhân khách quan trong khâu giải phóng mặt bằng, giải quyết thủ tục hành chính của cơ quan nhà nước hoặc do thiên tai, hỏa hoạn được cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư chấp thuận, báo cáo Thủ tướng Chính phủ phê duyệt) hoặc năm thứ tư kể từ năm có doanh thu mà dự án đầu tư của doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện nêu tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này thì không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, đồng thời doanh nghiệp phải kê khai, nộp số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đã kê khai hưởng ưu đãi của các năm trước (nếu có) theo quy định của pháp luật và không bị coi là hành vi khai sai theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Trong thời gian hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu có năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này thì năm đó doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.5. Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế quy định tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 15 và các Khoản 1, 2 và 3 Điều 16 Nghị định này là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đang thực hiện, trừ các trường hợp sau:a) Dự án đầu tư hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật;b) Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh).Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư trong nước có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện mà gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới thì hồ sơ để xác định dự án đầu tư là giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.”
Điều 19 Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn khoản 8 Điều 1 này bị sửa đổi bổ sung, làm hết hiệu lực một phần bởi Khoản 7 và khoản 8 Điều 1 Nghị định 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014:
“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:…7. Bổ sung Khoản 5a Điều 19 như sau:“5a. Đối với dự án đầu tư được cấp phép đầu tư mà trong Hồ sơ đăng ký đầu tư lần đầu gửi cơ quan cấp phép đầu tư đã đăng ký số vốn đầu tư, phân kỳ đầu tư kèm tiến độ thực hiện đầu tư, ở các giai đoạn tiếp theo trường hợp thực tế thực hiện được coi là dự án thành phần của dự án đầu tư đã được cấp phép lần đầu nếu thực hiện theo tiến độ (trừ trường hợp khó khăn khách quan, bất khả kháng) thì được hưởng ưu đãi thuế theo mức ưu đãi đang áp dụng đối với dự án đầu tư lần đầu; đối với dự án đầu tư được cấp giấy phép đầu tư trước ngày 01 tháng 01 năm 2014 thì ưu đãi thuế được hưởng cho thời gian ưu đãi còn lại được tính từ ngày 01 tháng 01 năm 2014.Dự án đầu tư của doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế mà giai đoạn 2009 – 2013 có đầu tư bổ sung máy móc, thiết bị thường xuyên trong quá trình sản xuất, kinh doanh thì phần thu nhập tăng thêm do việc đầu tư bổ sung máy móc, thiết bị thường xuyên này cũng được hưởng ưu đãi thuế theo mức mà dự án đang áp dụng cho thời gian còn lại.”8. Bổ sung Khoản 5b Điều 19 như sau:“5b. Doanh nghiệp còn thời gian hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu nhưng bị ngừng ưu đãi thuế do thực hiện cam kết với Tổ chức thương mại thế giới (WTO) đối với hoạt động dệt, may từ ngày 11 tháng 01 năm 2007 và hoạt động khác từ ngày 01 tháng 01 năm 2012 thì được lựa chọn kết hợp không đồng thời, đồng bộ ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại kể từ năm 2007 đối với hoạt động dệt, may hoặc kể từ năm 2012 đối với hoạt động khác, tương ứng với các điều kiện ưu đãi thuế mà thực tế doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp có hiệu lực trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp Giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14 tháng 02 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.””.
Điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn khoản 8 Điều 1 này bị sửa đổi bổ sung, làm hết hiệu lực một phần bởi Khoản 17, Khoản 18 và Khoản 19 Điều 1 Nghị định 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015:
“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Điều 1 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:…17. Bổ sung Điểm đ Khoản 2 Điều 19 như sau:đ) Thu nhập của doanh nghiệp từ dự án đầu tư trong lĩnh vực kinh doanh thương mại, dịch vụ phát sinh ngoài khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghiệp và địa bàn ưu đãi thuế không áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Khoản 1, Khoản 4 Điều 4 và Điều 15, Điều 16 Nghị định này.”18. Sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 19 như sau:“5. Dự án đầu tư mới (bao gồm cả văn phòng công chứng thành lập tại các địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn) được hưởng ưu đãi thuế quy định tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 15 và Khoản 1, 2 và Khoản 3 Điều 16 Nghị định này là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đang thực hiện, trừ các trường hợp sau:a) Dự án đầu tư hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật, trừ trường hợp quy định tại Khoản 6 Điều 19 Nghị định này.b) Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh).Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.”19. Bổ sung Khoản 6 vào Điều 19 như sau:“6. Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xã hội hóa được thành lập do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp theo quy định của pháp luật đáp ứng tiêu chí về cơ sở xã hội hóa theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ mà doanh nghiệp trước khi chuyển đổi chưa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo lĩnh vực ưu đãi thuế thì được hưởng ưu đãi như dự án đầu tư mới kể từ khi chuyển đổi.”
